В 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоки - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела. В Сети объявляется некий Кукловод, который манипулирует людьми. Его поимкой и занимается Мотоки...